Większość roślin bardzo źle znosi zalanie wodą. Szkodliwe jest zalanie system korzeniowego nawet gdy woda nie sięgnie po pień lub koronę. Drzewa i krzewy owocowe chorują lub giną, gdy poziom wody gruntowej podniesie się powyżej określonego minimum, które dla drzew wynosi 90 do 180 cm, a dla krzewów od 40 do 100 cm. Woda wypiera z gleby tlen, który konieczny jest do oddychania korzeni. Korzenie giną po kilkunastu lub kilku dniach w zależności od temperatury. Im wyższa temperatura, tym korzenie obumierają szybciej. Całkowite zatopienie drzew i krzewów wodą przynosi fatalne skutki: śmierć rośliny lub osłabiony wzrost przez rok lub dwa.
W ogrodach po powodzi lub nawet lekkim podtopieniu, widoczne są skutki nadmiaru wody. Zwiędnięte i żółknące liście, opadające owoce, zatrzymanie wzrostu. Dalszy rozwój drzew zależy będzie od stanu systemu korzeniowego.
Dlatego warto korzenie sprawdzić jeszcze tej jesieni lub na wiosnę przyszłego roku. W tym celu kopiemy rowek głębokości około 40 cm, w odległości około 70 cm od pnia i ostrożnie wyciągamy korzenie w celu dokładnych oględzin. Woda powoduje przede wszystkim obumieranie korzeni włośnikowych i młodych, drobnych korzeni. Korzenie uszkodzone są ciemnobrązowe, prawie czarne, gnijące o nieprzyjemnym zapachu, niekiedy pokryte białą grzybnią z korą łatwo oddzielających się od drewna lub przyschnięta do drewna. Korzenie zdrowe są jasno brązowe, a po zdrapaniu kory ich kolor jest biały lub kremowy.
Zdarza się, że woda zabija tylko korzenie położone głębiej, natomiast wierzchnie korzenie pozostają. Takie przypadki obserwujemy głównie u drzew. Rosną one dalej, lecz przez rok lub dwa są osłabione aż do czasu gdy rozwiną się nowe korzenie. Przy kompletnym lecz krótkotrwałym zalaniu drzew lub krzewów giną głównie korzenie drobne. Można dostrzec wówczas w ziemi zdrowe, grube korzenie z wyrastają umiejętności od nich młodymi, zupełnie białymi korzonkami, które mają zaledwie kilka tygodni. To też dobry znak. Rośliny będą rosły dalej chociaż trochę pochorują. Takim drzewo i krzewom owocowym warto dać szansę. Nie spieszyć się z ich karczowaniem. Poczekać do następnej wiosny. Prawdopodobnie wznowią one wegetację w kwietniu lub maju. Nie ma natomiast żadnego ratunku dla drzew i krzewów, którym zginęły wszystkie korzenie od nadmiaru wody. Rośliny takie zamierają powoli lecz nieuchronnie. Mogą nawet wznowić wegetację wiosną, podobnie jak gałąź ścięta z drzewa i wetknięta w wilgotną ziemię. Liście się rozwiną lecz pod koniec maja zaschną.
Przy ratowaniu drzew zalanych wodą najważniejszym zabiegiem jest szybkie osuszanie terenu przez odprowadzanie nadmiaru wody zarówno znad powierzchni gleby, jak i z gleby. Dobrym rozwiązaniem jest zrobienie drenażu systemu korzeniowego drzew z rury drenarskiej, która będzie nam odprowadzać nadmiar wody, a w czasie suszy może służyć do nawadniania. Warto wykopać pomocnicze rowy na działce, by szybko wodę odprowadzić jeśli jest to możliwe. Ta czynność jest już niestety daleko za nami, lecz rada może przydać się w przyszłości. Jeśli drzewa i krzewy zabierają się do życia po powodzi, to wiosną warto je przyciąć mocniej niż zazwyczaj. Koronę drzewa prześwietlić, wycinając gałęzie ze środka, by stała się luźniejsza, usunąć gałęzie zwieszające się aż do ziemi, przyciąć wierzchołek, skrócić wierzchołki konarów. U krzewów można wyciąć pędy starsze, z reguły mniej wartościowe, a zostawić pędy młodsze. Cięcie przywróci równowagę między uszkodzonym systemem korzeniowym, a częścią nadziemną i umożliwi roślinom dalszy rozwój.
W żadnym przypadku nie należy ciąć jesienią, by nie osłabiać i tak już zmniejszonej wytrzymałości mrozowej wskutek zalania wodą.
Na terenach po powodziowych można sądzić wszystkie gatunki drzew i krzewów, gdy poziom wody opadnie do stanu normalnego. Sadzenie wiosenne będzie bezpieczniejsze od jesiennego, gdyż lustro wody w glebie ustali się na poziomie normalnym dla danego obszaru. Nie trzeba się obawiać zanieczyszczenia terenu powodziowego. Zanim jakiekolwiek owoce urosną natura poradzi sobie z zanieczyszczeniami biologicznym.
Zanieczyszczenia chemiczne, głównie sole metali ciężkich, jeśli w ogóle się przedostały, są niegroźne dla upraw sadowniczych.
Sądząc rośliny sadownicze na terenach popowodziowych warto pamiętać, że truskawki, maliny, porzeczki i agrest dużo lepiej znoszą glebę podmokłą niż jakiekolwiek drzewa owocowe. Z drzew śliwy i jabłonie karłowe tolerują wysoki poziom wody gruntowej. Gorzej jabłonie pół karłowate i grusze karłowe, a najgorzej grusze szczepione na siewkach, wiśnie, czereśnie i orzech włoski. Jeśli powódź zrobiła takie szkody na działce, że zaczynać trzeba wszystko od nowa, to warto się rozejrzeć w szkołach lub punktach sprzedaży za nowymi, bardziej wartościowymi odmianami. Ich lista jest obszerna.